Sens : "baume" = grotte, gouffre; "Saint-Michel" = l’archange [ange en chef] dans la bible canonique, souvent représenté en chevalier ailé terrassant le Diable [la victoire de la foi chrétienne sur le Mal]
Excavation naturelle du Rocher de Saint-Michel située au Nord-Est de Callelongue, la vaste et profonde Grotte St-Michel d'Eau Douce reçoit le ruissellement des eaux de pluie qui s’infiltrent le long des parois rocheuses pour s’accumuler dans ses salles obscures, autrefois décorées de magnifiques stalactites et stalagmites. Elle est constituée de plusieurs salles voûtées, dont une souterraine et assez large contenant un petit lac, communiquant entre elles par des boyaux étroits de plusieurs mètres de long. Depuis la grande salle basse de la Grotte, on peut voir très en hauteur le jour percer du haut du Rocher de St-Michel, d'où son autre appellation de "Baume de la Cathédrale".
Cette caverne a été occupée durant la Préhistoire, au Néolithique, et des fouilles archéologiques ont mis à jour des silex taillés, des haches polies, grattoirs, pointes de flèches, des poteries et des éléments de parure indigène de cette époque. Par contre, il semble que cette partie du Massif ait été peu fréquentée à l'Âge de Bronze. Par la suite, les Calanques de Callelongue et des Goudes notamment ont été occupées par une population Salyenne issue des Ligures, dont les principales activités étaient essentiellement pastorales et qui, en cas de danger, au moment des invasions barbares, pouvait s’abriter sur les hauteurs dans des camps retranchés ou dans les nombreuses grottes naturelles du massif. Les anses des Goudes et de Callelongue et les cirques environnants, protégés des vents dominants, servaient alors à abriter les embarcations locales à fonds plats.
Voisine de la Grotte St-Michel d'Eau Douce, la Grotte de l'Ermite fut donnée en 1395 au frère ermite François, originaire de Naples, qui donna au sanctuaire que sa communauté construisit dans ce site escarpé et sauvage le nom d'un "Saint protecteur" très populaire, "Saint-Michel", le "Prince des archanges", souvent convoqué au Moyen-Âge pour protéger des sites religieux en hauteur.
La Grotte St-Michel d'Eau Douce a trouvé son nom au 16ème siècle, même si jusqu'il y a peu on l'appelait encore "Baume Sourne" ["sourne" = sombre, obscure, ténébreuse], ce qui était un nom bien trop commun pour désigner une grotte si exceptionnelle.
À la fin du 18ème siècle, on construisit plus bas une chapelle maritime, sur le rivage encore sableux du petit port de pêche du village des Goudes, que l'on baptisa "Saint-Michel d'Aigue Douce" car il y avait à proximité une source. Ainsi, à la suite d'une cession foncière de la Grotte, du Vallon, de cette chapelle et de sa source, il semble que l'on commença à appeler la Grotte St-Michel "d'Eau Douce" également.